（1）大豆低聚糖：大豆中的水苏糖和棉籽糖，因人体缺乏α-D-半乳糖苷酶和β-D-果糖苷酶，不能将其消化吸收，在肠道微生物作用下可产酸产气，引起胀气，被称之为胀气因子或抗营养因子。但近年来发现，大豆低聚糖仅被肠道益生菌所利用，具有维持肠道微生态平衡、提高免疫力、降血脂、降血压等作用，故被称为“益生元”。

（2）蛋白酶抑制剂：大豆中的蛋白酶抑制剂可以降低大豆的营养价值。常压蒸汽加热可破坏大豆中的胰蛋白酶抑制剂。常用脲酶实验来判定大豆中蛋白酶抑制剂是否已经被破坏。我国婴儿配方代乳粉标准中明确规定，含有豆粉的婴幼儿代乳品，脲酶实验必须是阴性。

（3）豆腥味：是由豆类中的不饱和脂肪酸经脂肪氧化酶氧化降解，产生醇、酮、醛等小分子挥发性物质所致。

（4）其他：大豆含有大豆异黄酮、大豆皂苷、大豆甾醇、植酸等多种生物活性成分。此外，大豆中还含有植物红细胞凝血素，可影响动物的生长发育，加热即被破坏。 通过对大豆进行加工，可以去除大豆所含的抗营养因素和大部分纤维素，能够提高消化吸收率，将大豆制成豆腐后蛋白质消化率由65%提高到92%～96%。同时豆腐也是钙和维生素B₁的良好来源。所以大豆及其制品须经过充分加热煮熟后再食用。