有的原虫是无性繁殖：①二分裂：即细胞核先分裂，随后细胞质、细胞膜分裂，结果由一个个体分裂为两个子体，如阴道滴虫；②多分裂：虫体细胞核经多次分裂后，细胞质开始分裂并包绕每个细胞核，完成一次分裂形成多个子体，如疟原虫裂体增殖和孢子增殖；③出芽生殖：为体积大小不等的分裂，如弓形虫滋养体的内芽增殖。

有的原虫是有性繁殖：配子生殖。原虫在发育过程中，先分化出雌、雄配子后，两者结合形成合子，再进行无性增殖，如疟原虫。

疟原虫在发育中，有性繁殖和无性繁殖交替出现，这种生殖方式为世代交替。