结核杆菌由血行进入肾，在双肾皮质形成多发性微结核病灶，若患者免疫状况好，病灶可全部自愈而不出现临床症状，也无影像学改变，称为病理型肾结核。若患者免疫能力低下，肾皮质结核病灶不愈合并逐渐扩大，发展为肾髓质结核，病变在髓质继续发展，穿破肾乳头到达肾盏、肾盂，发生结核性肾盂肾炎，出现临床症状及影像学改变，称为临床型肾结核，多为单侧病变。肾排出结核性脓尿，向下引起输尿管、膀胱、尿道的继发性结核病变。含结核杆菌的尿液可通过前列腺导管、射精管进入生殖系统，引起前列腺、精囊、输精管、附睾、睾丸结核。