1. 亚单位疫苗：提取病原微生物中有效的抗原成分制备成的疫苗。目前已使用的亚单位疫苗有腺病毒衣壳亚单位疫苗、流感病毒血凝集和神经氨酸酶亚单位疫苗、麻疹亚单位疫苗、乙肝病毒表面抗原制备的乙肝疫苗等。

2. 合成疫苗：将能诱导机体产生保护性免疫的人工合成的抗原肽结合于载体上，再加入佐剂制成的疫苗即为合成疫苗。制备合成疫苗，首先要获得病原微生物中具有保护作用有效组分的氨基酸序列，然后按此序列合成。其优点是一旦合成即可大量生产，且无血源性疫苗传染的危险性。

3. 基因工程疫苗：将病原微生物中编码诱导抗原的基因与载体重组后导人宿主细胞，表达产生大量相应抗原，由此制备的疫苗称为基因工程疫苗，如现用的乙型肝炎病毒疫苗。