根据有无凝固酶，也可将葡萄球菌分为凝固酶阳性菌株和凝固酶阴性菌株两大类。过去认为凝固酶阳性菌株有致病性，阴性菌株无致病性：但近年来发现后者亦可致病。根据噬菌体分型，可将金黄色葡萄球菌分为5个群和26个型。噬菌体的分型在流行病学调查、追查传染源和研究菌体分型与疾病类型间的关系均有重要作用。随着分子生物学的发展，传统的金黄色葡萄球菌的分型方法已逐步被DNA基因型方法取代，如染色体DNA的脉冲电泳分型、随意引物PCR法分型等，其特异性比表型分类法更高。