医学原虫与医学蠕虫的区别在于：①蠕虫是多细胞动物，大部分的蠕虫存在自然界中，少部分会寄生在动植物体内或体表，寄生在人类身上的蠕虫称作医学蠕虫。②原虫是单细胞真核生物，原虫的整个机体虽仅由一个细胞构成，但却能够完成生命活动的全部功能，如摄食、代谢、呼吸、排泄、运动及生殖等。

在自然界，原虫的种类繁多，有65000余种，多数自生或腐生生活，广泛分布于地球表面的各类生态环境中，如海洋、土壤、水体或腐败物内。寄生性原虫有近万种，生活于动物体内或体表。其中医学原虫有40余种，为寄生于人体管腔、体液、组织或细胞内的致病性或非致病性原虫。致病性原虫对人类健康和畜牧业生产造成严重危害。